Visita:

Em termos de itinerários de visita, o estuário pode ser dividido em margem norte e margem sul.

MARGEM NORTE
Compreende a zona que se estende desde Alcácer do Sal até Setúbal, passando por Águas de Moura, Praias do Sado e pela zona industrial da Mitrena.

Na margem norte o local mais acessível é a zona da Mourisca. Neste local existem alguns percursos de observação assinalados, resultantes de uma colaboração entre o Instituto da Conservação da Natureza e das Florestas e a Câmara Municipal de Setúbal.

Outra zona interessante situa-se no Zambujal, perto de Águas de Moura. Para chegar a este local, deve tomar-se a N10 a partir de Setúbal, virando no km 54. Ao fim de cerca de 1 km chega-se a uma ponte metálica (antiga ponte ferroviária) sobre a ribeira da Marateca. Este é um local excelente para observar limícolas durante a maré baixa. Entre as espécies de limícolas que habitualmente aqui ocorrem são de referir: pernilongo, alfaiate, borrelho-grande-de-coleira, borrelho-de-coleira-interrompida, pilrito-pequeno, perna-vermelha-comum e maçarico-das-rochas. Outras espécies que geralmente podem ser vistas a partir da ponte são o mergulhão-de-pescoço-preto, o corvo-marinho-de-faces-brancas, a garça-branca-pequena, a garça-real, o colhereiro e o guincho-comum. Nas zonas circundantes, que frequentemente se encontram encharcadas, podem ver-se espécies como a íbis-preta, a garça-vermelha, o peneireiro-cinzento, o tartaranhão-dos-pauis, a galinha-d’água, a andorinha-do-mar-anã e a petinha-ribeirinha. Neste local existe uma pequena população do exótico bispo-de-coroa-amarela.

Alguns quilómetros mais a oeste situa-se o Bairro da Bonita e logo a sul do mesmo fica um complexo de salinas denominadas do Pinheiro Torto. Este é um local excelente para observar limícolas, principalmente durante a maré-cheia. Entre as espécies que aqui têm sido regularmente observadas são de referir: o pernilongo, o alfaiate, o borrelho-de-coleira-interrompida, o maçarico-de-bico-direito, o perna-vermelha-comum e o perna-verde. Este é também um bom local para observar pequenos bandos de flamingos e alguns passeriformes, como a cotovia-de-poupa e a alvéola-amarela.

A Herdade do Pinheiro é um dos melhores locais para observação de aves, tanto terrestres como aquáticas. As lagoas de Bem-Pais e da Sachola são um bom sítio para procurar o galeirão e diversas espécies de patos, sendo também um local de fácil observação do guarda-rios; os montados circundantes albergam pica-pau-malhado, picanço-barreteiro, trepadeira-azul e, no Inverno, grandes bandos de pombos-torcazes. Infelizmente, nos últimos anos o acesso a esta zona tem estado muito condicionado e é fundamental obter autorização.

Seguindo pela N5 (ou IC1) para sul, pode virar-se à direita junto à aldeia de Palma, seguindo então em direcção ao Monte Novo. Aqui há vastos montados de sobro onde são frequentes espécies florestais, como o chapim-real, a trepadeira-comum, a trepadeira-azul ou o tentilhão.

Cerca de 3 km a noroeste do Monte Novo fica a Herdade de Abul. Para chegar aqui, deve virar-se à direita logo após a passagem de nível e prosseguir durante cerca de 3 km por um caminho de areia (transitável). Inicialmente este percurso segue por zonas florestais, mas depois dá lugar a uma vasta extensão de arrozais, onde são frequentes as narcejas-comuns, as petinhas-dos-prados e as fuinhas-dos-juncos. Um pouco adiante, surge uma casa isolada com um cais palafítico, a partir de onde se obtém uma ampla vista sobre o estuário. Este é um dos melhores locais para observar o arrabio, que ocorre nesta parte do estuário em números consideráveis. Outras espécies de aves aquáticas que aqui podem ser vistas são o corvo-marinho-de-faces-brancas, o merganso-de-poupa, o maçarico-galego e o perna-verde-comum.

MARGEM SUL
Compreende toda a zona que se estende desde Alcácer do Sal até a Comporta e daqui para norte em direcção a Tróia.

A Península de Tróia é uma restinga com cerca de 15 km de comprimento que é percorrida especialmente da parte da tarde. É um bom local para observar flamingos, patos e diversas espécies de limícolas.
A Península da Carrasqueira é composta por uma pequena lezíria que se estende para norte a partir da aldeia da Carrasqueira. Nesta zona podem ver-se cegonhas-brancas, garças-brancas-pequenas, garças-reais, petinhas-ribeirinhas e escrevedeiras-dos-caniços. Ocasionalmente surge aqui a coruja-do-nabal. A fuinha-dos-juncos é muito comum e na Primavera, é um bom local para procurar a alvéola-amarela. Na extremidade norte desta península há um pequeno caniçal onde no Inverno podem ser vistos o pisco-de-peito-azul e o chapim-de-faces-pretas. Toda a península é contornada por um dique a partir do qual se obtêm boas vistas sobre o estuário, permitindo observar corvo-marinho-de-faces-brancas, bem como diversas espécies de patos e limícolas. Mais para leste, na estrada para Alcácer, há diversos complexos de salinas nas zonas de Cachopos, Torrinha e Batalha. Ao longo desta estrada é habitual ver-se a pega-azul.